明日香一行人參加校外教學來到沖繩，

　　另一方面飯塚率領的『M班』，以及米雅、塔瑪菈等人，

　　為了執行異世界貿易會議警戒任務，而來到那霸基地。

　　但是就趁著這個時機，

　　奇斯等人帶著成為魔法少女的千里，對基地發動攻擊！

　　明日香、胡桃、米雅和塔瑪菈等「傳說五人」，將要再次同心協力，

　　參加與巴別旅團的戰鬥──！