鹿目圓是見瀧原中學二年級的學生，她原本是個平凡的女生。有一天班上來了個轉學生曉美焰，焰讓圓有似曾相識的感覺。圓和朋友沙耶香在回家的途中，發現焰竟然手持武器，獵殺一隻傷痕累累神祕生物，圓救下了牠。神秘的生物自稱叫丘比，牠希望圓和沙耶香能和自己簽訂契約，成為魔法少女，不過她們並沒有馬上答應牠，而是先跟著另一位魔法少女麻美的身邊見習……