自沉睡中醒來的蕾貝卡母親•瑞秋宣告：

　　「MOTHER的生命即將耗盡，全宇宙的人類都會滅亡。」

　　如此衝擊的未來。為了避免這個未來發生，

　　EDENS ZERO一行人航向無法回頭的最後世界「０號宇宙」。

　　──然後舞台回到起始的地點•格蘭貝爾。

　　四季與蕾貝卡及哈比再度重逢，

　　一場拯救世界的冒險重新開始！