農業試驗所創立於1895年，以試種日本稻開啟臺灣農業科研體系，並落腳於臺北市的蟾蜍山下。臺灣光復後，經數次改組異動後，轄2分所，復因都市發展需求及城市化產生的影響，在行政院的支持下於1977年搬遷至現址，接續農業科學研究，提供政府推動政策之重要科學依據與支持。2023年8月1日農業部成立，本所同步改組，亦新成立花卉試驗分所。將透過創新及加值、加強與產學研界的跨域合作，持續以農業科技支持臺灣農業。