臺灣自1992年即展開自然生態系之長期生態研究（Long-Term Ecological Research, LTER），農業生態系研究則於2006年開始由本所與臺南區、苗栗區農業改良場和茶及飲料作物改良場等單位，陸續在臺灣中部成立6處研究站。長期生態研究係藉長期跨領域之多時間與空間資料收集，了解生態系結構、組成、交互作用等。計畫總目標在於藉長期觀測，了解環境變遷對生態系服務功能之影響，並探討符合生態觀念之農耕操作，能否減少亞熱帶主要作物系統化學物質的投入。為能展現計畫成果，每六年設定一個短期目標，第一期（2006-2011）探討不同農法對不同耕作制度生態系生產力維持、生物多樣性影響及其對環境之衝擊，並探求較佳的農業管理模式；第二期（2012-2017）目標為長期觀測氣候變遷對農作物生產、害蟲與天敵族群生態、罹病度及雜草變遷之影響，並研擬可能的調適策略。第三期（2018-2023）目標為從供給、支持、調節與文化等市場與非市場方面盤點和評估農業生態系多功能價值，以供研擬農業環境給付措施參考。為能實現資料再利用、延續資料生命與提升資料價值，本研究所獲得之研究數據均以Morpho軟體建置EML（Ecological Metadata Language）文件，並存入MetaCat生態資料庫，以利資訊交流，並藉此參與多項國際合作計畫，提升研究能量與品質，亦與國際接軌，增加臺灣能見度。自2020年起本所、水試所與各區改良場在全臺擴增10處監測站，包括2處漁業站和8處農業站，分別進行養殖水質與農村產區生態監測，觀察不同農法與氣候變遷對其生態之影響，以進行蟲害與肥培之精準管理，並嘗試藉農漁村社群參與式研究，加強生產者對生態與環境之重視與實踐，降低農業生產對生態系服務功能之衝擊。目前臺灣農業LTER仍偏重在自然科學研究，將逐漸加入社會科學研究，進行長期生態與社會研究（Long-Term Ecological and Social Research, LTSER），探討自然生態環境與社群之交互作用。