發生那件事情已經過了兩年多…。結束與自來也一起進行的修行，而且變得更強壯的鳴人回到木葉忍者村了…！雖然跟以前的夥伴們重逢這件事情讓他感到非常高興，但是「曉」的魔手已經伸向成為風影的我愛羅！！波濤洶湧的第二部拉開序幕了！！