卡巴Ⅰ成為了遺跡宇宙船的大腦，為了使遺跡基地崩壞而開始上升，而在其上，村上與吉歐展開宿命的對決！然而在激鬥後落敗的村上成為吉歐的人質，使得卡巴不得不現身，面對吉歐的神秘道具──單元．利姆巴。而此時，遺跡宇宙船也面臨其他獸神將的總攻擊…