在哈佛大學的時候，余老師的研究方向有一些主要的改變。他1962年的博士論文 (“Views of Life and Death in Later Han China”)可以說是一種宗教史的題目。五年以後，他的Trade and Expansion in Han China: A Study in the Structure of Sino-Barbarian Economic Relations (Berkeley, 1967)出來，所以他的注意力轉到經濟史、民族關係史和制度史。然後，他從漢代跳到清代，而從經濟制度史深入學術思想史。他至少告訴過我一次：美國學術界對具體制度史不太有興趣或了解，給他們唸思想史比較適當。但很有趣，他自己後來不繼續寫英文的專著，而在美國拿到永久職位以後，就進一步更加功夫寫中文書，面對東亞讀者。比方說，他下兩本書就是：《方以智晚節考》(香港，1972)和《論戴震與張學誠》(香港，1976)。1976年他也出版了《歷史與思想》；這是頭一本在臺灣出版的書，故他與臺灣出版社最早、永久的關係就是聯經出版事業公司。給我這個研究生更深刻的影響，老師騰越我所注重的宋代；好像老師覺得宋學太抽象。
初始我的研究方向是西方思想史和史學史，後來起了變化，跟兩位老師有很大關係。一個是比較思想史的大家史華慈(Benjamin I. Schwartz)。那時我的西方思想史題目也定了，有一次他跟我聊天：「你有這樣的底子，做西方的學術當然很好，但是在西方有很多可以做得更好的人。為什麼不回去做中國學問？一般做中國學問的人沒有你這樣的底子，你有不同的眼光和訓練，說不定會看出一些有趣的問題。」我受到了一些啟發，又去請教余英時教授。那時余先生由哈佛大學轉任耶魯大學，他沒有教過我，我讀書跟的是余先生的老師楊聯陞教授。可是我上楊教授的課只有第一堂和最後一堂。第二堂去的時候空無一人，我覺得奇怪，怎麼請假也不講。後來我從系裡知道那時他的精神不好。
在哈佛，我打了一個比較全面、紮實的學問底子。那時受余英時先生影響，且戰且走，一方面彌補舊學的不足。史華慈是我真正的指導教授。我的博士論文題目《十八世紀中國的哲學、考據學和政治：李紱和清代陸王學派》(Philosophy, Philology, and Politics in Eighteenth-Century China: Li Fu and the Lu-Wang School under the Ch’ing, 1983)實際上是余英時先生給我的。他的設計頗有深意，找一個沒人做過的題目。我就無所依傍，沒有二手資料，唯一的只有太老師錢穆的《中國近三百年學術史》中有一章專門寫到李紱。我只有把李紱的著作一本一本地看，歸納出自己的看法。我的博士論文寫得很快，一年九個月就完成了。我當然不是天縱英明，而是有個學識淵博的好老師。我每寫一章就給余先生過目，他看我是不是「在軌道上」，而不是亂講一通。他說這個方向是對的，我就寫下去。另外加上史華慈教授對我的批評，但就這個論文來說，最重要的還是余英時先生。後來寫出來了，幸運地被劍橋大學出版社接受出版。這至少對得起兩位老師。現在大陸有人也要寫李紱，要翻譯這本書。我說：日本也有人寫李紱的，我自己沒有看，你可以參考一下。我想日本人會有自己的看法，因為李紱是清代陸王學派最重要的人，但沒有人做，很隱晦，是一個次要的思想家，因為是次要的，反而更能反映一個大時代的氣候。因為第一流的思想家、學者往往超越那個時代，走在前面，要談朱熹、王陽明反映了當時什麼，很難。但李紱更能反映當時學術的氣氛。
除了單獨會面，最主要和余師接觸的機會是上課。在余老師的學生當中，我最特別的經歷就是長期擔任他的助教。在老師工作過的學校，不算密西根大學的話，哈佛、耶魯、普林斯頓之中以耶魯最為重視大學部教育，起碼在1980年代是如此。它有完整的助教制度，所有大學部的基礎課，不管修課人數多少，都配有助教，專門的課有時也有。我到耶魯的第二年就擔任余師的助教。其實，以我當時的英文能力以及對美國了解的程度，都不足以當此任，但余師原來的助教Kandice Hauf學長因故無法續任，我只好硬著頭皮頂上。余師找我任此職時，我也看得出他的為難，這件事後來勉力撐過，也奠下我爾後長任助教的基礎。我一共擔任過余老師三或四次的助教，記得除了一次是「中國思想史」(Chinese Thought in Historical Perspective)，其他都是傳統中國史的導論課(The History of China to 1600)。透過一再聆聽余師的講演課，我得知他對中國歷史有著通貫的了解，這對我有很深的影響。往後我自己做研究，無論課題有多專門，很自然就會考慮起這些課題或所牽涉現象的各種歷史意義。
在耶魯時，余師在我心中最鮮明的影像是，他是一位深刻、博學而充滿活力的知識人、學者。這是他創造力爆發的時期，他的許多重要著作都寫於這幾年，以下是其中篇幅較大的：《從價值系統看中國文化的現代意義》、《中國近代思想史上的胡適》、《中國近世宗教倫理與商人精神》、〈漢代循吏與文化傳播〉、〈清代學術思想史重要觀念通釋〉、〈方以智自沉惶恐灘考〉、〈陳寅恪的學術精神和晚年心境〉、〈陳寅恪晚年詩文釋證〉、〈陳寅恪晚年心境新證〉。這段時期的作品有的原為單獨刊行，後來都集入《中國思想傳統的現代詮釋》、《陳寅恪晚年詩文釋證(增訂新版)》二書之中 。在耶魯時期，余師也發表了不少英文論文，沒有中文版而具份量的有：“Morality and Knowledge in Chu Hsi’s Philosophical System”，以及收入劍橋中國史第一冊秦漢卷的“Han Foreign Relations” 。後面一篇應該是在1970年代寫就，出版已在1986年。就對余師學術生涯的了解而言，這些著作有的是他青年時期漢史研究的持續，有些是中年早期明清學術思想史研究的擴展，有的則是新開創的課題。關於後者，最明顯的是《中國近世宗教倫理與商人精神》，這本書除了本身的原創性貢獻，也開啟了余師後來對於商人文化、明清儒學轉向的研究。透過對胡適、陳寅恪的探討，他也開始大量撰寫有關中國近代思想的論著。另外值得一提的是“Morality and Knowledge in Chu Hsi’s Philosophical System”，這原係1982年7月在夏威夷國際朱子學會議提出的論文，於1986年正式刊布 。這是余師第一篇關於朱熹的著作。在我的印象裡，他為寫此文重讀《朱子語類》，應該至少是他第二次讀此大著。余師後來會有《朱熹的歷史世界》、《宋明理學與政治文化》問世，背後是有極深的積蓄的。
世事如夢，我雖然在耶魯度過了充實的求學生涯，其間的細節大都已隨時光化去。現在試著捕捉關於余師幾件印象極深的事。有一次，我以助教的身分去上他的大學部講演課。當時余師剛從臺灣回來，課後他告訴我，他這次到臺灣，在去程的17小時旅途中，一口氣讀完Hannah Arendt的The Human Condition，空中小姐覺得很奇怪，哪有人坐那麼久的飛機不休息的。余師應該是坐頭等艙，服務人員很清楚他的動靜。他以聊天的輕鬆口吻告訴我這件事，我聽了卻大吃一驚，The Human Condition是一本三百多頁的思想巨著，余師在一次飛行中就通讀此書，實在反映了他在求知思考上的超人動力。
另一件事發生於我在耶魯的第四年，可能是上學期。當時在成功大學任教的張永堂先生來耶魯歷史系擔任訪問學人，一天我和他以及余師一起進午餐。余師的辦公室在研究生院大樓 (Hall of Graduate Studies, 簡稱HGS)三樓，他通常在大樓外York Street的一家餐廳吃簡餐，我們那次也在這個地方。席間不記得張先生問了什麼，余師回應之間說了一句話，意思是「我每天都在想問題」。我聽到楞了一下，心裡想，這話是不是說得有些隨意，沒想到張先生立刻反問：「你是說每天都想問題嗎？」重點在「每天」二字。余師正色作答：「是每天，我沒有一天不想問題的。」這一句「夫子自道」讓我真正認識到，他的學術生命是什麼樣的狀態。余師向來主張學思兼顧，但從對他的觀察，我感覺，要有真知灼見，「思」的相對重要性可能還是高一些。當然，這個「思」不能是個人鑽牛角尖，而必須帶有嚴肅的自我省視的習慣和能力。
