另一方面,本書也分析了平埔族及高山原住民的身世之謎。我們的研究顯示,大部分的平埔族與高山原住民共有相同或相近的血緣,這些共有的血緣大多同時與東南亞島嶼族群(印尼及菲律賓)共有。除此之外讓我們驚訝的是,部分平埔族擁有數千年前來自東南亞及亞洲大陸的血緣,這一發現比原先認知的來自四百年前的血緣(唐山公)要來得更早更為久遠。我們的研究顯示,平埔族並未消失,而是被漢化,大部分的族人已溶入「台灣人」的大熔爐中。至於台灣的原住民,我們的發現與語言學的說法有所不同,我們認為原住民的來源應該是多元而非單一的,而且時間更久遠。我們也發現台灣原住民與波里尼西亞人之間存在著母系血緣的直接關連,這是國際上首次以母系血緣證實了這關聯,也讓《經濟學人》(The Economist)報導說夏威夷人是「made in Taiwan」。