一八四八年他又住在愛默生家裡；一八四九年，他完成了一本叫作《康科特河和梅里麥克河上的一星期》﹝A Week on the Concord andMerrimack Rivers﹞的書。差不多同時，他發表了一篇名為《消極反抗》﹝On Civil Disobedience﹞的極為著名的、很有影響的論文。按字面意義，這也可以譯為「論公民的不服從權利」。後面我們還要講到它。然後，到了一八五四年，我們的這本文學名著《瓦爾登湖》出版了。本書有了一些反響，但開始的時候並不大。隨著時間的推移，它的影響越來越大。一八五九年，他支持了反對美國蓄奴制度的運動；當這個運動的領導人約翰．布朗竟被逮捕，且被判絞刑處死時，他發表了為布朗辯護和呼籲的演講，並到教堂敲響鐘聲，舉行了悼念活動。此後他患了肺病，醫治無效，於一八六二年病逝於康城，終年僅四十四歲。他留下了《日記》﹝The Journal﹞三十九卷，自有人給他整理，陸續出版，已出版有多種版本和多種選本問世。
他對自己的出生地，即麻省的康城，深感自豪。康城是爆發了美國獨立戰爭的首義之城。他說過，永遠使他驚喜的是他「出生於全世界最可尊敬的地點」之一，而且「時間也正好合適」，適逢美國知識界應運而生的、最活躍的年代。在美洲大陸上，最早的歐洲移民曾居住的「新英格蘭」六州，正是美國文化的發祥之地。而正是在麻省的康城，點燃起來了美國精神生活的輝耀火炬。小小的康城，風光如畫。一下子，那裡出現了四位大作家：愛默生，霍桑，阿爾考特，和他，梭羅。一八三四年，愛默生定居於康城，曾到哈佛大學作了以《美國學者》﹝The American Scholar﹞為題的演講。愛默生演講，撰文，出書，宣揚有典型性的先知先覺的卓越的人，出過一本《卓越的人》﹝Great men﹞，是他的代表作。他以先驅者身份所發出的號召，給了梭羅以深刻的影響。
那個條文裡面的「他」，那個發問的人就是愛默生。這真是一槌定了音的。此後，梭羅一直用日記或日誌的形式來記錄思想。日記持續了二十五年不斷。正像盧梭寫的《一個孤獨的散步者的思想》﹝Les reveries du promeneur solitaire﹞一樣，他寫的也是一個孤獨者的日記。而他之要孤獨，是因為他要思想。他愛思想。
在一八四九年出版的《美學》﹝Aesthetic Papers﹞雜誌第一期上，他發表了一篇論文，用的題目是《對市政府的抵抗》﹝Resistance to CivilGovernment﹞。在一八六六年﹝他去世已四年﹞出版的《一個在加拿大的美國人，及其反對奴隸制和改革的論文集》﹝A Yankee in Canada,with Anti-Slavery and Reform Papers﹞收入這篇文章時，題目改為《論公民的不服從權利》﹝Civil Disobedience﹞。此文題目究竟應該用哪一個，讀書界頗有爭論，並有人專門研究這問題。中國一般地慣用了這個《消極反抗》的題名，今承其舊，不再改變。文中，梭羅並沒有發出什麼政治行動的號召，這毋寧說正是他一貫宣導的所謂「更高的原則」中之一項。他認為政府自然要做有利於人民的事，它不應該去干擾人民。但是所有的政府都沒有做到這一點，更不用說這個保存了奴隸制度的美國政府了，因此他要抗議和抵抗這一個政府，不服從這一個政府。他認為，如果政府要強迫人民去做違背良心的事，人民就應當有消極抵抗的權利，以抵制它和抵抗它。這篇《消極抵抗》的論文，首先是給了英國工党和費邊主義者以影響，後來又對於以絕食方式反對英帝國主義的印度聖雄甘地的「不合作運動」與「非暴力主義」有很大的作用，對於一九六○年馬丁．路德．金，在非洲爭取民權運動也有很大的作用，對托爾斯泰的「勿以暴抗暴」的思想也有影響，以及對羅曼．羅蘭也有一些影響。
梭羅是一生都反對蓄奴制度的，不止一次幫助南方的黑奴逃亡到自由的北方。在一八四五年的消極反抗之後，他還寫過《麻省的奴隸制》﹝一八五四年，Slaver y in Massachusetts﹞一文，他和愛默生一起支持過約翰．布朗。一八五九年十月，布朗企圖襲擊哈潑斯渡口失敗而被捕，十一月刑庭判處布朗以絞刑，梭羅在市會堂裡發表了《為約翰．布朗請願》﹝A Plea for Captain John Brown﹞的演說。布朗死後，當地不允許給布朗開追悼會時，他到市會堂敲響大鐘，召集群眾舉行了追悼會。梭羅關於布朗的一系列文章和行動都是強烈的政治言行。
隨著時光的流逝，這本書的影響是越來越大，業已成為美國文學中的一本獨特的，卓越的名著。他一生所寫的三十九卷手稿，是他的日記或日誌，其中記錄著他的觀察、思維、理想和信念。他在世時的，在報刊上發表過的文章，他去世後已收集、整理好，出版了的計有《旅行散記》﹝一八六三年，Excursions﹞、《緬因森林》﹝一八六四年，The Maine Woods﹞、《科德角》﹝一八六五年，CapeCo d﹞三種。他的全集出版有《梭羅文集》，有一九○六年的和一九七一年的兩種版本。此外是他的日記，有《梭羅：一個作家的日記》、《梭羅日記》兩卷本、《梭羅日記之心》的精選本等。
