《古都的戀歌》比奈與王子因校外教學而前往京都！興奮雀躍地這個也想吃，那個也想看的比奈一行人到達旅館。即將熄燈前，為了買飲料而獨自溜出旅館的比奈中途路經神社時，在那裡遇見妖狐九重。據九重說，他從平安時代開始就一直被關在神社動彈不得。九重有個願望，於是比奈與王子決定幫助他實現。平安時代的貴族千金與陰陽師的戀情，引導比奈等人展開奇妙的京都冒險！