地球死亡後，變成一切都用齒輪與發條加以重現、重新建構的世界──『時鐘機關之星』。京都抹消未遂事件三週後，瑪莉收到神祕通訊。於是直人一行人前往通訊來源──三重區，沒想到那裡已經化為所有機能停擺的鬼城！



　　潛入都市最深處的直人一行人，看到的是違反條約的『巨大兵器』與稚齡少女自動人偶──體現『永遠』、最強的Initial Y──「姊姊──請摧毀我──」



　　……世界不容修正。無法修復的齒輪軋軋作響.....