進入明治時代之後，文明開化的浪潮勢不可擋，不過日本仍有許多迷信、軼聞、奇談流傳各地…以科學的角度研究並且否定妖怪，最後被世人稱為妖怪博士的哲學家•東日流六平太，他與真心相信妖怪存在的助手•泊賴武攜手合作，為了破除迷信，前往挑戰各地發生的超自然現象!!