對東京審判中的被告判處的特別的戰爭罪行,在日內瓦公約中有專門的規定。例如,公約的第二條規定戰俘「必須一直受到人道地對待和保護,特別反對暴力行為」;第三條專門規定戰俘「有權擁有人身權和他們的榮譽得到尊重的權利」;第四條規定日本和其他國家一樣,「有義務準備遵守有關戰俘的條約」。此外,「在有害於健康的地區俘虜的戰俘和在氣候有害於來自從氣候溫和地區的戰俘時,應該把他們儘快轉移到氣候適宜的地區」(第9條);應該為戰俘提供住宿的房屋或兵營,提供盡可能的衛生和健康保證。(第10條);戰俘食物的配給「應該在品質和數量上與營地的駐守部隊一樣」(第11條)。而日本「可以利用身體狀況允許的戰俘勞動力」,官員和普通士兵的待遇應該一樣(第27條)。不僅如此,作為勞工的戰俘必須得到合適地保護、照顧和對待,並要付給工資(第28條)。任何戰俘不能在身體狀況不佳之時,被當作勞工使用(第29條)。任何戰俘都不能從事與戰爭用品有直接關係的勞動(第31條)。或者從事「損害健康的和危險的工作。日本在對待盟軍戰俘的時候,全然違反了所有的條約規定,─比如在巴丹死亡行軍、三次山打根死亡行軍、緬泰鐵路的修築、八十公里營地(80 kilo camp)和巴那卡島大屠殺(Banaka Island Massacre)中都是如此。這可以由日本製造的較高的戰俘死亡率(27%)來證明,而盟軍戰俘在德國的戰俘營中死亡率只有4%。更加令人憤慨的是,日軍虐殺中國戰俘,很多中國戰俘被大規模殺害,另外還有很多和盟國戰俘一起成為了生化武器的試驗對象,日軍故意讓他們感染炭疽和淋巴腺鼠疫等病菌。