巴特為了救出被陷害的曾我上校，與石川、波瑪等人展開營救行動，並和草薙素子展開對決。但是當年在「庫桑共和國」發生的那件事，其實背後還隱藏著不為人知的真相……！本案一切的事實真相將會在本集揭曉，「攻殼機動隊」也即將成立！