宇宙世紀0079年，伊歐•弗雷明與達利爾•羅倫茲在THUNDERBOLT宙域的殲滅戰中倖存下來。兩人的命運留待第２年，0080年的「地球」做一了斷。參與了使命便是從狂信教團「南洋同盟」手中取回被奪的「再利用•Ｐ•裝置」的「THUNDERBOLT作戰」，讓伊歐得到了亞特拉斯鋼彈。另一方面，基於對於開發者卡拉教授的愛，達利爾也以吉翁殘黨軍的身分，率領小隊想奪回裝置。一場超越兩人想法的戰爭，即將在南冰洋爆發──。