表面看似和平的日本,其實是各國諜報單位覬覦的目標,然而,卻有一族默默收集各國情資並默默守護日本800年──「阿賀」。阿賀邦彥及阿賀瑪利亞則是這族的末裔,邦彥曾多次提供情報給政府要他們多家注意,但卻遭多次忽略,因而變得不信任政府,不再為政府工作。於是,內閣主席參謀•九鬼友馬登門拜訪並邀請他再度投身諜報單位為府工作。在與九鬼友馬的談話過程中,畢竟身上流著800年來「阿賀」一族的血液,那種驕傲不容他拒絕、也不想把其交付給別人,所以邦彥便答應再次重操舊業並培養繼任之人。
數年前,阿賀邦彥與妻子•?查到日本政府的電報已遭某國竊取、解讀。九鬼內閣主席參謀得知此事後,決定讓天才•江波透流祕密著手開發絕對不可能解讀的「量子暗號」。事隔數年,就在暗號技術將完成之際,江波透流的身邊開始出現可疑分子。為了保護江波透流,於是邦彥開始展開行動!
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