秘密設立的研究機關「迦勒底」結合各種技術，觀測人類一百年之後的歷史，確保人類的時代能永遠存活下去。在故事開始半年前，迦勒底在一次觀測時，發現人類史突然在２０１６年７月滅絕。查究原因，研究員認為與同一次觀察時同樣突然在時間軸上出現的詭異「特異點」有關。為了延續人類歷史，迦勒底招募了主角在內４８名可以進行靈子轉移的人類，前往過去調查與修正「特異點」，４８名適合者在進行第一次靈子轉移前，迦勒底發生爆炸，在只剩主角能進行靈子轉移的情況下，成為半英靈瑪修的御主，並在已經異變的冬木市尋找造成異變的聖杯。