陽明山國家公園地處北台灣森林生態系的關鍵地區；園區內除了有許多火山與硫磺及溫泉資源，並有眾多的獨立溪流水系。穩定的降雨量及未受汙染的純淨水質，造就為北台灣本土魚類及蝦蟹類重要生存棲地。以台灣淡水魚類資源為例，扣除37 種特有種來看，至少可達54 科265種以上的原生台灣淡水及河口魚類。其中種類歧異度最大的類群，為?虎科魚類(Gobiidae)，至少高達75 種，佔32%。其次為鯉科魚類(Cyprinidae)。台灣已命名的特有種及特有亞種淡水魚類，共計高達42 種之多。台灣的原生淡水蝦蟹共有77 種之多，其中蟹類43 種中差不多全都是台灣特有，並以溪蟹為主，淡水蝦中43 種，主要為米蝦和沼蝦屬，其中僅有6 種為台灣特有。