新卡卡西班誕生!暗部的「大和」代替正在靜養的卡卡西成為隊長!另外出身於暗部養成部門「根」的祭,則是代替佐助成為鳴人等人的夥伴。對於像是失去了所有感覺的祭,有所不滿的鳴人等人的反應卻是!?
庫拉多尼、恩維…人造人開始展露出真面目。製造出人造人的人物到底是誰?人們就像是要尋求這個謎題之真相般的聚集起來!另一方面,在尋找真相的馬斯坦古也前往司令部,那裡有什麼樣的事情在等待著他?