從「一年戰爭」就不斷爆發激鬥的達利爾•羅倫茲與伊歐•弗雷明，這次宿命的對決從地球發展到宇宙。南洋同盟以薇薇薇中心的感應薩克軍團，以及伊歐與莉莉雙駕駛操縱的完美吉昂所率領的地球聯邦軍，再度在THUNDERBOLT宙域展開大戰！在擁有吉昂強大的力量，並發誓要為斯巴達報仇而無比團結的聯邦軍面前，這場戰鬥是南洋大敗。而舞台一轉，來到中立殖民地SIDE 6。考夫曼與比利一行人，希望許多難民能逃亡至此，卻沒想到──