主要著作有：《馬歇爾使華調處日誌》(台北：國史館，1992)；《文社的盛衰──二○年代基督徒本色化之個案研究》(台北：宇宙光出版社,，1993)；The Life and Career of Hung Ch’eng-ch’ou (1593-1665): Public Service in a Time of Dynastic Change (Ann Arbor: Association for Asian Studies, Monograph Series, 1999)；（譯）《所傳為何？基督教在華宣教的檢討》(Jessie G. Lutz, Christian Missions in China: Evangelists of What?)（台北：國史館，2000）；（主編）《明清文化新論》（台北：文津出版社，2000）。目前正在編輯Contextualization of Christianity in China: An Evaluation in Modern Perspective.
目 錄
【一】Moving Toward a Mature, Balanced Stage of Studying Christianity in China
【二】政教關係──研究中國基督教史的重要途徑
【三】余日章與公民教育運動
【四】中華基督教青年會初期發展之研究
【五】基督教合作運動之困境──「中華全國基督教協進會」之研究
【六】臺灣基督教大學教育的檢討──以東吳、東海、中原三校為例
【七】Christianity in Modern Taiwan-Struggling over the Path of Contextualization
【八】台灣基督教與漢學研究－回顧與展望
