時值豐臣秀吉還名為木下藤吉郎時的戰國戰亂之刻，此時還沒有統治天下者，各地大名皆以〝唯吾能統一天下〞為名而動作頻頻!!由赤影所領軍的影一族的族人為了阻止甲賀幻妖齋所率領的金目教的地下活動，持續不斷的與他們在進行正義的死鬥！假面忍者赤影參上!!