衛生福利部國民健康署的前身為衛生署國民健康局，該局成立於2001年7月12日，係由衛生署保健處及所屬3個研究所(原隸屬省衛生處之公共衛生研究所、家庭計畫研究所及婦幼衛生研究所)整併而成，負責婦幼衛生與慢性病防治。現因應中央政府組織調整，於2013年7月23日正式由「局」改制為「署」，肩負更重大的使命，將秉持「預防勝於治療」的精神，強化預防醫學與社區健康，尤其是因應人口結構改變，將更緊密結合社會福利與跨部會資源，落實從子宮到天堂、從家庭到社區的全民健康促進，目標是提高健康餘命，縮小健康不平等，讓全體國民，不分貧富、地域、性別、族群，都能活得久、且活得好。