因此,穆勒的正式教育完全在他父親直接教導下進行,他在三歲時每天的功課是希臘文和算術,七歲以前已經熟知柏拉圖的前六個對話錄,接下來五年他把其餘的讀完。八歲開始學拉丁文,接著讀古典名著和歷史,十一歲幫他父親糾正其著作《印度史》(History of India),十二歲開始嚴肅的探究哲學。老穆勒不讓兒子接觸宗教、形上學,也很少讓他接觸詩,所有邊沁認為造成人類愚笨和錯誤的東西,都不允許他兒子接觸。所有的藝術中只讓他碰音樂,也許因為音樂不會錯誤地呈現真實的世界。在這樣的教育下,穆勒在滿十二歲時,他所學到的東西相當於一個三十歲的飽學之士。
穆勒並非職業作家,將近五十年的寫作,他完成了不少作品,而許多重要著作都是在下班、週末和假日完成,至少在他五十二歲退休前都是如此。他在十六歲就開始寫作,第一部主要著作是一八四三年出版的《邏輯體系》(The System of Logic),一八四八年出版《政治經濟學原理》(Principles of Political Economy),這兩本書都發行好幾版,穆勒的學術地位也因此穩若磐石。最為膾炙人口的著作當然是《論自由》和《效益主義》,後者在一八六三年出版;前者則是他妻子死後一年的一八五九年出版,穆勒堅稱這本書是他和妻子的合著,書的內容他們已經討論過許多次。熟悉《論自由》內容的讀者,應該很容易接受這本書是二人合著的說法。(未完)