魔法正式成為現實的技術，已經將近一個世紀。國立魔法大學附屬第一高中──俗稱「魔法科高中」。一對新生兄妹準備進入這所學校就讀。哥哥是擁有某種缺陷的劣等生。妹妹是全面完美無缺的優等生。從這一刻起，在這原本平靜的學習園地，風波不斷的日子正式展開。魔法科高中遭到反魔法組織Blanche襲擊。為了保護與深雪的平穩生活，達也決意打倒Blanche，並與夥伴一起深入敵人的基地。而在最終決戰的舞台，他也將發揮那「規格外的能力」──！入學篇，動盪的最終高潮！