順利解決了校內恐怖攻擊後，司波達也＆深雪兄妹即將面臨的是一年一度的盛事，由九所魔法科高中競逐身手的「九校戰」。雖然七草會長看重達也的本事，但身為二科生的達也還是因為首開先例的二科生加入團隊而飽受質疑。另一方面，達也鑽研魔法三大難題之一「飛行魔法」也有所突破。在各方準備就緒後，前往會場的路上，第一高中代表隊卻遭到攻擊……