新東京在阿基拉的力量下化為瓦礫，廢墟西區出現了尊阿基拉為「大覺」的大東京帝國，日漸拓展勢力。惠和千代子收容了清子和勝，但是無法供給他們足夠的藥，惠於是造訪宮子夫人。



　　帝國企圖支配新東京廢墟東側，組織軍隊討伐宮子教，卻遭到擊退。帝國強化兵力後進行第２次攻擊，惠等人躲到神殿上方避難，卻正好遇見鐵雄。



　　歷經再次覺醒，鐵雄距離遙不可及的阿基拉又進了一步！金田在生還之後重返戰線，以混亂至極的廢墟為舞台，環繞著阿基拉的各個勢力即將展開決戰！