美蘇兩大國之間發起共同計劃，目的在於解開阿基拉之謎，計畫取名為「Ｊｕｖｅｎｉｌｅ　Ａ──少年Ａ（ＡＫＩＲＡ）」。科學家們的分析報告遲遲沒有進展，讓美軍司令萬分焦急，於是從美國本土召來特殊部隊暗殺阿基拉。鐵雄熱衷於測試自己的力量，在集會上做出破壞月球的驚人展示！但由於急遽解放力量，使他的身體產生異狀。鐵雄遭到巨大的力量翻弄，外表變身成詭異的模樣。大東京帝國進入高度警戒態勢，各方勢力終於對帝國展開最終決戰！