農業生態系之長期生態研究(Long Term Ecological Research, LTER)計畫於2006年開始進行，農業試驗所與臺南區、苗栗區農業改良場及茶業改良場等陸續在臺灣中部成立6處研究站，展開長期跨領域之多時間與空間資料收集，瞭解生態系之結構、組成、交互作用等研究之後，於2020年再擴及於農村/社區進行農作物產量、生態與環境變遷及其韌性相關研究。