在「一年戰爭」中，THUNDERBOLT宙域的激戰後一年。聯邦發動「THUNDERBOLT行動」想鎮壓得到感應薩克的邪教團•南洋同盟，伊歐•弗雷明也駕駛新型的亞特拉斯鋼彈參與行動。而為了讓退化成幼兒的卡拉教授恢復，同時也為了再度駕駛感應薩克，達利爾背叛吉翁公國，投靠南洋同盟。兩人的命運，如今在地球、南洋同盟的感應薩克製造基地「塔阿爾火山基地」再度交錯！