從「一年戰爭」的THUNDERBOLT宙域就展開激戰的達利爾•羅倫茲及伊歐•弗雷明，這場宿命的對決再度從地球發展到宇宙間。南洋同盟的達利爾為感應薩克裝上了鋼彈裝甲，讓「完美鋼彈」成真了。他們襲擊月神二號，並取得了新人類專用MA（機動裝甲）布勞．普羅。為了對抗這壓倒性的戰力，地球聯邦軍的伊歐與新人類莉莉組成搭檔，搭上了完美吉昂。然後眾人再度回到戰爭的舞台……再一次來到THUNDERBOLT宙域──