在THUNDERBOLT宙域的再度衝突，南洋同盟慘敗在地球聯邦軍之下。載著許多難民逃走的考夫曼，要求中立殖民衛星SIDE6收容難民。然而掌握他們存在的聯邦軍發動攻擊。正當陷入壓倒性劣勢的羅西南提號九死一生之時……達利爾駕駛的完美鋼彈與布勞•普羅出現，情勢一舉逆轉。難民成功逃入SIDE6中。與此同時，前往月球的伊歐等人，抵達亞納海姆電子公司的中樞所在地，馮•布朗市。伊歐在此得到了新的使命……？