洪根深1946年出生於澎湖縣鼎灣村，小學三年級時因繪製總統蔣中正伉儷肖像獲獎，被媒體報導，稱他為「繪畫神童」。1966年，洪根深進入臺灣省立師範大學藝術系，從此勤練素描，也經常到故宮博物院觀摩古代的書畫名家作品。同時，受到《文星》雜誌引介西方思潮的啟發，開始將拓、貼、印、染、噴、灑等新技法，融入到傳統的水墨創作當中。
1970年，洪根深以國畫第一名等多項優異成績畢業，之後與妻子遷居高雄執教，並成立「鐘鼎畫室」，持續進行水墨的實驗創作。1976年，他的首次個展於高雄臺灣新聞報畫廊舉辦，深獲各界好評，鼓舞了他日後持續藝術創作的道路。
洪根深的創作以「殺墨」為名，挑戰傳統水墨的框架。由於自幼體弱多病，他的作品蘊含強烈的憂患意識，並關照精神世界。他將有形的現實，轉化為抽象墨韻的意境，創造富含感性的畫面。從1970年代打破傳統結構的「枯山水」系列，到1980年代邁入成熟的「繃帶」、「黑色情節」系列等，洪根深接觸社會與人群，逐漸在作品中映現對人性的深刻反省，走出一條屬於自我的水墨道路。
創作之餘，洪根深長年投身高雄地區的藝術與公共事務，不僅與畫友共組「高雄市現代畫學會」、創辦《藝術界》月刊等，也整理高雄地區的藝文史料，出版《邊陲風雲》等多本專書，更積極推動高雄市立美術館的成立。2004年，獲頒高雄市文藝獎，肯定他一路走來的創作與文化貢獻。
洪根深認為藝術家不能缺少對創作、心靈、土地與文化的黏性。自澎湖生長茁壯的他，2019年捐贈大批作品給澎湖縣政府文化局，2020年由文化局成立「洪根深美術館」，，期許以藝術回饋鄉里，持續推動地方的文化發展。